Les ac. aminés impliqués dans la stabilisation et l'orientation de l'hème sont presque tous invariants.
La relation entre invariance et importance fonctionnelle est particulièrement nette pour certains d'entre-eux:

-Cys 14 et Cys 17 qui établissent chacun une liaison covalente avec la porphyrine et qui sont toujours séparés par 2 résidus (à variabilité plus importante).
-His 18 et Met 80 qui établissent chacun une liaison avec le fer: His 18 est entièrement conservé,
Met 80 est invariant chez les eucaryotes et remplacé chez la bactérie par Thr qui doit pouvoir assurer la liaison de coordination avec le fer par l'intermédiaire de l'atome d'oxygène de sa chaîne latérale. Il y a donc maintien de la fonction de l'acide aminé au sein de la molécule.
Le remplacement chez Saccharomyces (mutagenèse dirigée) de Cys 14, de Cys 17 ou de His 18 entraîne une absence de croissance, l'hème n'étant pas inséré dans la molécule , le cyt.c n'assure pas sa fonction.
- Pro 30
est également indispensable pour stabiliser l'hème.Une souche mutée qui synthétise un cyt. c avec Leu 30 à la place de Pro 30 ne se développe pas bien.

Les ac. aminés impliqués dans les interactions entre le cyt.c et le cyt.c1 sont moins bien conservés.

Lys 79 est invariant, Lys 91 varie très peu, Arg 18 présent chez la levure est pratiquement toujours remplacé par Lys18, la substitution maintenant donc une charge positive.