Les résidus des acides aminés Arg, Lys, Asp, Glu interviennent dans la détermination de la charge nette de la protéine. Ici, à pH = 8,6, c'est la forme -COO- qui est largement dominante pour la chaîne latérale de Asp (pKa = 3,65) et de Glu (pKa = 4,25) alors que c'est la forme -NH3+ qui est prépondérante pour la chaîne latérale de Arg (pKa = 12,48) et de Lys (pKa = 10,53). Il faut cependant remarquer que les pKa des groupements dans les protéines ne sont pas exactement les mêmes que dans les acides aminés libres. Cette étude met clairement en évidence l'existence d'une charge nette positive pour le lysozyme et négative pour l'ovalbumine, à pH = 8,6.