Un flux de cellules sanguines
Les cellules sanguines convenablement préparées (ici trimarquage), en suspension dans un liquide, sont amenées, une par une, à croiser un faisceau laser (ici
l = 488nm).

Des signaux optiques générés et collectés
- lumière diffusée
Lorsqu'une cellule passe dans le faisceau laser, elle diffuse la lumière dans toutes les directions. La lumière diffusée est collectée dans le prolongement du rayonnement laser, à de petits angles, elle est alors détectée par le Forward Scatter Channel (détecteur FSC) et l'intensité mesurée est grossièrement proportionnelle à la taille de la cellule. Elle est également mesurée dans une direction perpendiculaire à celle de la lumière incidente (sous un angle de 90°) par le Side Scatter Channel (détecteur SSC), il s'agit alors essentiellement de la lumière réfléchie par les granulations cytoplasmiques, le noyau...(granularité).
- émissions fluorescentes
La lumière incidente excite les fluorophores (liés aux Ac. monoclonaux) portés par la cellule concernée. Ils absorbent bien dans le bleu et restituent une partie de l'énergie absorbée sous la forme d'une émission fluorescente (l plus grande) qui se situe dans le vert pour FITC, dans le rouge pour PerCp et dans le orange pour PE. Des circuits optiques séparent les lumières émises par l'intermédiaire de filtres sélectifs (dichroïques) et les dirigent vers des détecteurs (FL1, FL2, FL3).

Les signaux optiques détectés puis convertis
Chaque signal optique (photons) détecté est converti en voltage par un photomultiplicateur. Le signal électrique correspondant (analogique) est traité par un convertisseur afin qu'il puisse être utilisable (digital) par un ordinateur.