Il s'agit dans un premier temps d'extraire l'ADN de l'aliment à tester et d'un aliment certifié sans OGM en évitant les contaminations. Il faut ensuite soumettre à la PCR l'ADN extrait afin d'essayer d'amplifier plusieurs cibles , des marqueurs du transgène d'une part, et un marqueur témoin de la présence, dans les extraits, d'ADN d'origine végétale d'autre part. La présence ou l'absence de ces marqueurs est révélée par coloration d'un gel après séparation électrophorétique, leur identification se faisant contre un témoin de taille.
-Les marqueurs du transgène, cibles de l'amplification.
Avant d'être transféré dans la plante hôte, le gène étranger qui code la protéine d'intérêt doit être préparé de façon qu'il puisse s'exprimer dans les cellules réceptrices, il faut donc lui adjoindre un promoteur et un terminateur convenablement choisis. Le promoteur CAMV 35S du virus de la mosaïque du chou-fleur est souvent utilisé car il permet théoriquement d'initier la transcription dans la plupart des cellules végétales. Le terminateur NOS, du gène qui code la nopaline synthase de Agrobacterium tumefaciens est lui aussi souvent utilisé. La plupart des plantes génétiquement modifiées ont donc la particularité de posséder dans leur ADN la séquence de ce promoteur et (ou) celle de ce terminateur. C'est donc ici une partie de chacune de ces séquences que l'on va chercher à amplifier par PCR par l'intermédiaire de 2 couples d'amorces (dites OGM), l'un pour cibler le promoteur, l'autre, le terminateur.
-Le marqueur de l'ADN d'origine végétale
C' est une partie du gène qui code une protéine du photosystème II présente chez la plupart des végétaux et bien conservée. Il sera également amplifié par PCR mais son balisage sera assuré par un couple d'amorces (dites PSII) spécifiques. Sa présence dans les extraits alimentaires atteste lors de la lecture des résultats d'une extraction correcte d'un ADN d'origine végétale, en bon état.
-Un ADN de contrôle
Cet ADN, fourni avec le kit, possède l'ensemble des séquences cibles (les 3), il est donc OGM⁺ et son utilisation permet de s'assurer que l'amplification et la révélation des marqueurs ont bien fonctionné.