Analyse de la séquence des plasmides pFG et pFB

Repérage des gènes GFP, BFP, AmpR et du promoteur T7 ARN polymérase

Le traitement de la séquence de chaque plasmide pFG et pFG par le logiciel Anagène permet de déterminer leur taille précise et de retrouver les séquences correspondant aux gènes qui nous intéressent plus particulièrement dans cette étude. Pour cela, il faut utiliser le module qui affiche les séquences dites ouvertes par identification des codons d'initiation (ATG) et de terminaison (stop). Trois cadres de lecture (C1, C2,C3) sont envisagés suivant que l'on commence par le premier, le deuxième ou le troisième nucléotide. On peut demander la traduction des séquences ouvertes et même les extraire.
Parmi les séquences pouvant coder une protéine, on identifie dans pFG celle qui code la GFP et celle qui code la b-lactamase en utilisant les informations extraites d'un logiciel de modélisation moléculaire (nombre d'ac.aminés, comparaison avec la séquence de la protéine). Dans pFB, on identifie facilement le gène qui code la BFP, car sa séquence est très proche de celle du gène qui code la GFP.
Le logiciel Anagène ne met pas en évidence les promoteurs mais la séquence du promoteur T7 ARN polymérase peut en partie être déduite de l'exploitation d'un modèle moléculaire du complexe T7 ARN pol / T7 promoteur (fichier .pdb) et on sait qu'il est situé un peu avant le codon initiateur. On peut donc retrouver sa séquence dans celle des 2 plasmides.
Fenêtre du logociel Anagène avec les séquences à exploiter. Sur l'image ne figure que le début des séquences qui, pour l'ADN, sont dans le sens 5' vers 3'. Pour les gènes il s'agit du brin non codant.

Travail à effectuer

  • Repérer les gènes GFP, BFP et AmpR (code la b-lactamase). Les situer sur la carte du plasmide. Extraire leur séquence. Pour les séquences servant de référence, utiliser les fichiers 1jvj.pdb (b-lactamase) et 1gfl.pdb (GFP). Voir résultats.
  • Repérer dans les plasmides la séquence du promoteurT7 ARN polymérase sachant qu'elle peut en partie être extraite du modèle moléculaire affiché à partir du fichier .pdb et qu'elle correspond à 19 nucléotides. Voir résultats.