Des séquences de Fab alignées

Des parties constantes
Des parties variables
Des parties hypervariables
Il s'agit de comparer ici les séquences de quelques Fab d'Ac anti-VIH afin d'établir comment la structure primaire explique les propriétés des Ig établies par l'étude des modèles moléculaires.
Les Ac retenus
-17B: anti-Gp120, épitope induit par la fixation du CD4 (épitope CD4i)
-IgG1b12: anti-gp120, épitope interférant avec le site du CD4 (épitope CD4Bs)
-2g12: anti-GP120, épitope mettant en jeu des résidus glucidiques liés à des Asn.
-2F5: anti-Gp41
-Un Ac. anti-P24, protéine de la capside du VIH.
L'alignement est réalisé avec le logiciel Clustalx. Attention, il n'y a pas une couleur par ac. aminé!
Une partie constante dans la chaîne lourde des Ig

L'alignement d'une partie des séquences du 2ème domaine de la chaîne lourde montre que la plupart des ac.aminés sont conservés. Cela est valable pour l'ensemble de ce domaine (et pour les 3ème et 4ème domaines).C'est Hc.
Un partie variable avec 3 zones hypervariables dans la chaîne lourde
L'alignement met en évidence une partie variable (Hv) qui correspond au 1er domaine de la chaîne lourde. Elle comprend 3 zones hypervariables (flèches).
Une partie constante et une partie variable comprenant 3 zones hypervariables dans la chaîne légère

L'alignement permet de repérer une partie constante (Lc) correspondant au 2ème domaine de la chaîne légère et une partie variable (Lv) avec 3 zones hypervariables. L'image ne montre que la fin de Lv avec la 3ème zone hypervariable et le début de Lc.

L'étape suivante consiste à mettre en relation ces résultats avec ce qui a été établi à partir des modèles: on établit alors que les zones hypervariables des chaînes H et L correspondent aux boucles mises en jeu dans la reconnaissance par l'Ac d'un épitope, elles sont responsables de la spécificité de l'Ig vis à vis d'un déterminant antigénique.On les appelle CDR (Complementarity Determining Regions).
On vérifie que les résidus de l'Ac 17B identifiés précédemment comme responsables de la liaison avec la GP120 font bien partie des zones hypervariables. Ainsi A104, D105, E106, G107, E108, Y109 se trouvent dans H CDR3 alors que I54 et L55 sont dans H CDR2 et que W94 est dans L CDR3. Le plus souvent les 3 CDR de chaque chaîne sont impliquées dans la formation du site de reconnaissance de l'épitope.(voir les 6 CDR de l'Ac IgG1b12).